Nhân vật chính: Nhân vật trung tâm của game do người chơi đặt tên. Được nhà sản xuất đặt tên là Arisato Minato trong manga và Yūki Makoto trong phim. Là nhân vật trầm tính và ít nói. Sau khi chuyển đến khu kí túc xá, cậu đã triệu hồi được persona Orpheus và Thanatos để cứu mọi người ở đầu game. Cậu nhanh chóng trở thành thủ lĩnh của nhóm và là nhân vật duy nhất sử dụng được nhiều persona cùng một lúc. Người chơi điều khiển NVC trong chiến đấu và trong đời sống hằng ngày. NVC có thể mở rộng mối quan hệ với những người xung quanh để tạo ra những persona mạnh hơn, thậm chí có thể "cưa" các cô gái khác trở thành bạn gái của mình. NVC có thể đóng mọi vai trò trong chiến đấu và người chơi sẽ thua nếu để NVC chết.
Pharos: Nhân vật bí ẩn ở đầu game mà chỉ NVC mới có thể nhìn thấy. Trong suốt trò chơi, Pharos sẽ đến cảnh báo người chơi trước những sự kiện quan trọng (đánh boss) trước đêm trăng tròn. Vào gần cuối game Pharos nhớ lại mình là ai và mục đích của cậu.
Yukari Takeba: Bạn cùng lớp với NVC. Là 1 thành viên của SEES. Là học sinh khá nổi tiếng trong trường nhưng cô khá thận trọng và không để ai quá thân thiết của mình. Trong qua trình chơi Yukari có thể trở thành bạn gái của NVC. Yakari sử dụng cung và là nhân vật hồi máu tốt nhất game.
Sakaki Takaya: Chỉ huy của nhóm Strega, một nhóm 3 thành viên biết sử dụng persona từ thí nghiệm của tập đoàn Kirijo chuyên lợi dụng Dark Hour cho mục đích cá nhân và là kẻ thù của SEES. Strega lập nên 1 trang web tên là "Revenge Request", nơi người dùng có thể liên lạc với nhóm để giết bất kì ai họ muốn cùng những hoạt động phi pháp khác. Takaya là nhân vật phản diện chính của game.
Kirijo Mitsuru: Con gái của ông chủ tập đoàn Kirijo. Xinh đẹp và tài năng, Mitsuru là một trong những học sinh xuất sắc nhất trường và là chủ tịch hội học sinh. Đồng thời cô cũng là chỉ huy của SEES và lớn hơn NVC 1 tuổi. Cô cũng có thể trở thành bạn gái của NVC. Mitsuru là nhân vật sử dụng phép thuật mạnh nhất đội.
Iori Junpei: Bạn cùng lớp và là bạn thân của NVC. Là thành viên của SEES. Cậu là một trong những học sinh kém nhất trường nhưng lại là một người vui tính và trẻ con. Junpei là nhân vật có sức tấn công vật lí cao nhất game.
Sanada Akihiko: Là một trong 3 thành viên đầu tiên của SEES. Anh là một học sinh nổi tiếng được nhiều cô gái hâm mộ. Akihiko sử dụng persona cân bằng giữa tấn công vật lí và phép thuật.
Ikutsuki Shuji: Chủ tịch trường Gekkoukan và là người hỗ trợ SEES. Shuji lúc đầu có vẻ như là một nhân vật chính diện nhưng thật chất ông tham gia SEES chỉ để phục vụ cho mục đích đen tối của mình.
Aragaki Shinjiro: Thành viên cũ của SEES và là bạn thuở nhỏ của Akihiko. Anh rời nhóm khi vô tình giết người trong lúc đang mất kiểm soát persona của mình. Anh luôn khước từ lời mời gia nhập nhóm của Akihiko, tuy nhiên lại gia nhập nhóm khi biết Ken, con trai của người anh đã giết gia nhập SEES. Shinjiro chết vào giữa game khi cứu Ken.
Shirato Jin: Thành viên của Strega và là cánh tay phải của Takaya.
Yoshino Chidori: Thành viên còn lại của Strega. Ban đầu là người xấu nhưng cô đã thay đổi từ khi gặp Junpei và có cảm tình với anh. Chidori hi sinh để cứu Junpei.
Aigis (Aegis trong bản Nhật): Một người máy có khả năng sử dụng persona. Cô thường xuyên quan tâm đến NVC và luôn bảo vệ cậu. Aigis sẽ xuất hiện và gia nhập SEES vào giữa game.
Yamagishi Fuuka: Thành viên của SEES. Tính tình hiền lành nhút nhát nên thường xuyên bị bắt nạt. Fuuka không trực tiếp chiến đấu mà chỉ hỗ trợ từ xa cho nhóm.
Amada Ken: Thành viên nhỏ tuổi nhất của SEES. Mẹ của Ken bị Shinjiro giết chết nên cậu luôn có ý định trả thù Shinjiro. Ken là nhân vật toàn diện trong chiến đấu nhưng lại không có điểm mạnh nào đáng kể.
Koromaru: Một chú chó trung thành biết sử dụng persona. Sau khi chủ chết, Koromaru gia nhập SEES nhưng cũng là nhân vật khá vô dụng trong chiến đấu.
Nyx: Trùm cuối của game. Là "mẹ" của các shadow và bị đánh bại vào cuối game.
Igor: Chủ của Velvet Room, nơi giúp nhân vật chính tạo ra persona.
Elizabeth: Trợ lí của Igor và là trùm phụ ở cuối game.
